Qsys SPI(3 Wire Serial)controlにおいて SPI通信の線(SS, MISO, MOSI, SCLK)はFPGAのQsysで設定すればIOピンでSPI通信ができるようになるのですか？

You can refer to https://www.intel.com/content/dam/www/programmable/us/en/pdfs/literature/ug/ug_embedded_ip.pdf page 36, for the I/O pin, you can do it on the assignment editor or pin planner. Thanks